La organización surge de la necesidad y con el objetivo de que las comunidades de la Sierra Juárez pudieran tener una instancia de organización regional que les diera la oportunidad de acordar acciones comunes y gestionar recursos para resolver sus necesidades concretas, ya que durante muchos años no se había podido establecer una organización regional debido al control político del gobierno estatal. Ante esta necesidad se aprovecha la coyuntura del Programa Nacional de Solidaridad que en 1990 crea los Fondos Regionales de Solidaridad a través del Instituto Nacional Indigenista (INI) y se aprovecha para crear la Unión de Organizaciones de la Sierra Juárez, Oaxaca (UNOSJO). En 1992 se constituye legalmente la UNOSJO, como Sociedad Civil, desde entonces empieza a establecer actividades propias que le permiten ir construyendo su independencia y separación del Fondo Regional. Por lo que se dividió en 6 áreas que desde distintas perspectivas apoya a las comunidades indígenas.
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Área de Café Orgánico.
Área de Mujeres
Área de Derechos Indígenas
Área de Agroecología
Área de Comunicación