El área de Derechos Indígenas nace en 1996, a partir de la necesidad de asesorar y acompañar a las autoridades comunitarias relacionadas con la UNOSJO, S.C., sobre temas de impartición de justicia, gestión y distribución de recursos municipales; además la necesidad de promover e impulsar la libre determinación de los pueblos indígenas, a través de los acuerdos de San Andrés y la iniciativa de la COCOPA. Se ha realizado, en dos comunidades, un modelo de normas internas comunitarias llamados “Estatuto comunal” reconocidas por el Estado para regular el acceso de sus habitantes a sus tierras, y lo que la sociedad occidental conoce como recursos naturales, así como protegerlas de los intereses externos. Se apoya en el fortalecimiento de la organización comunitaria de dos organizaciones micro regionales.